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分子生物學(xué)



新技術(shù)!華人學(xué)者帶來(lái)新的膨脹顯微技術(shù)

2023-01-04分子生物學(xué)


  
   

Figure 2: Validation of MAGNIFY in multiple tissue types.    

圖像:例如(a)在60×下用SOFI成像并處理的人類(lèi)腎臟擴(kuò)張前圖像與相同視野(b)在40×下用MAGNIFY成像的擴(kuò)張后圖像。洋紅色,DAPI;橙色抗α -肌動(dòng)蛋白4 (ACTN4);藍(lán)色,波形蛋白。(c-e)均方根(RMS)長(zhǎng)度測(cè)量誤差是(c) DAPI, (d) ACTN4和(e) Vimentin擴(kuò)展前和擴(kuò)展后圖像測(cè)量長(zhǎng)度的函數(shù)。實(shí)線,通道均值;陰影面積,平均標(biāo)準(zhǔn)誤差(s.e.m);N = 5個(gè)技術(shù)重復(fù);平均膨脹系數(shù)8.64× (s.e.m 0.24)。(f)在60×下用SOFI成像并處理的人類(lèi)前列腺擴(kuò)張前圖像與(g)在40×下用MAGNIFY拍攝的擴(kuò)張后圖像進(jìn)行比較。洋紅色,DAPI;綠色,抗atp酶抑制因子1 (ATPIF)。后擴(kuò)展圖像最大強(qiáng)度投影超過(guò)3幀。(h-i) RMS長(zhǎng)度測(cè)量誤差是(h) DAPI和(i) ATPIF展開(kāi)前與展開(kāi)后圖像測(cè)量長(zhǎng)度的函數(shù)。實(shí)線,通道均值;陰影面積,s.e.m.;N = 4個(gè)技術(shù)重復(fù);平均膨脹因子10.38× (s.e.m 0.57)。(j-o)在多種人體組織類(lèi)型中驗(yàn)證MAGNIFY。人體組織FFPE樣品在40×下成像(左上)。圖片拍攝于60×and,經(jīng)SOFI處理(左下)。白框表示高倍圖像的視場(chǎng)。然后對(duì)樣品進(jìn)行MAGNIFY處理,在水中以10×(右上)和40×(右下)膨脹后成像相同的視場(chǎng)。擴(kuò)展后圖像投影在4-17 z的切片上。洋紅色,DAPI;綠色,ATPIF;藍(lán)色,細(xì)胞角蛋白泛型I/II。水中膨脹因子為(j)結(jié)腸:8.85×, (k)乳房:9×, (l)子宮:8×, (m)胎盤(pán):8.75×, (n)胸腺:10.00×, (o)甲狀腺:10.59×。(p-r)人體組織三維圖像示例:(p)腎臟(膨脹因子8.68×)。洋紅色,DAPI;橙色,ACTN4;藍(lán)色,編劇。(q)結(jié)腸(擴(kuò)張因子9.67×)。洋紅色,DAPI;綠色,ATIPF;藍(lán)色,細(xì)胞角蛋白泛型I/II。(r)子宮(擴(kuò)張因子8×)。洋紅色,DAPI;綠色,ATIPF;藍(lán)色,細(xì)胞角蛋白泛型I/II。放大區(qū)域的虛線白框。比例尺(黃色表示擴(kuò)展后圖像):(a) 5 μm;(b) 5 μm(物理尺度后膨脹40.75 μm;膨脹系數(shù):8.15×);(f) 5 μm;(g) 5 μm(物理尺度后膨脹:51.9 μm;膨脹系數(shù):10.38×);(j-o) top: 10 μm;底部:1 μm;(p-t) 5 μm。比例尺都是生物尺度。    

圖片來(lái)源:卡內(nèi)基梅隆大學(xué)提供

由于膨脹顯微成像技術(shù)(Expansion microscopy,ExM)的創(chuàng)新,我們可以前所未有地觀察細(xì)胞內(nèi)部和其他納米級(jí)結(jié)構(gòu)。這些進(jìn)展有助于為神經(jīng)科學(xué)、病理學(xué)和許多其他生物和醫(yī)學(xué)領(lǐng)域提供未來(lái)的見(jiàn)解。

在1月2日發(fā)表的論文“Magnify is a universal molecular anchoring strategy for expansion microscopy”中來(lái)自卡內(nèi)基梅隆大學(xué)、匹茲堡大學(xué)和布朗大學(xué)的合作者描述了被稱為“ Magnify”的新技術(shù)。

生物科學(xué)副教授招永欣(Leon)說(shuō):“Magnify可以成為生物技術(shù)一種有效和可用的工具?!?/p>

招永欣的生物光子學(xué)實(shí)驗(yàn)室是通過(guò)物理膨脹樣品(稱為膨脹顯微鏡)實(shí)現(xiàn)生物樣品超分辨率成像領(lǐng)域的領(lǐng)導(dǎo)者。通過(guò)該過(guò)程,樣品被嵌入可膨脹的水凝膠中,該凝膠均勻膨脹以增加分子之間的距離,從而使它們能夠以更高的分辨率被觀察到。這使得以前只能使用昂貴的高分辨率成像技術(shù)才能看到的納米級(jí)生物結(jié)構(gòu)可以用標(biāo)準(zhǔn)顯微鏡工具看到。

Magnify是膨脹顯微鏡的一種變體,它允許研究人員使用團(tuán)隊(duì)發(fā)明的一種新的水凝膠配方,該配方保留了生物分子的光譜,在各種組織中提供了更廣泛的應(yīng)用,并將膨脹率線性增加到11倍或原始體積的1300倍。

“我們克服了膨脹顯微鏡的一些長(zhǎng)期挑戰(zhàn),”招永欣說(shuō),“Magnify的主要賣(mài)點(diǎn)之一是將組織的生物分子(包括蛋白質(zhì)、細(xì)胞核片段和碳水化合物)保存在擴(kuò)展樣本內(nèi)的通用策略。”

招永欣說(shuō),保持不同的生物成分完好無(wú)損很重要,因?yàn)橐郧暗姆桨感枰S多將組織連接在一起的各種生物分子。但這些分子對(duì)研究人員來(lái)說(shuō)可能包含有價(jià)值的信息。

他說(shuō):“在過(guò)去,為了使細(xì)胞真正可膨脹,你需要使用酶來(lái)消化蛋白質(zhì),所以最后,你得到了一個(gè)空凝膠,上面有標(biāo)簽,標(biāo)明了感興趣的蛋白質(zhì)的位置?!笔褂眠@種新方法,分子保持完整,并且可以在單個(gè)樣品中標(biāo)記多種類(lèi)型的生物分子。

“以前,考試就像單選題。如果你想標(biāo)記蛋白質(zhì),那就是版本一。如果你想給原子核貼上標(biāo)簽,那將是一個(gè)不同的版本,如果你想進(jìn)行同步成像,這是很困難的?,F(xiàn)在有了‘Magnify’,你可以選擇多個(gè)項(xiàng)目進(jìn)行標(biāo)記,比如蛋白質(zhì)、脂類(lèi)和碳水化合物,并將它們放在一起成像。”

實(shí)驗(yàn)室研究員Aleksandra Klimas是一名博士后研究員,他說(shuō):“這是一種方便的高分辨率標(biāo)本成像方法。”“傳統(tǒng)上,你需要昂貴的設(shè)備、特定的試劑和培訓(xùn)。然而,這種方法廣泛適用于許多類(lèi)型的樣品制備,可以用生物實(shí)驗(yàn)室里的標(biāo)準(zhǔn)顯微鏡觀察?!?/p>

擁有神經(jīng)科學(xué)背景的Gallagher說(shuō),他們的目標(biāo)是讓這些協(xié)議盡可能地兼容,讓研究人員可以從采用Magnify作為工具包的一部分中受益。

“它適用于不同的組織類(lèi)型、固定方法,甚至是保存和儲(chǔ)存的組織。它是非常靈活的,因?yàn)槟悴灰欢ㄐ枰匦略O(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn);它會(huì)和你已有的東西一起工作?!?/p>

對(duì)于匹茲堡大學(xué)生物成像中心和匹茲堡癌癥研究所的創(chuàng)始人兼主任Simon Watkins等研究人員來(lái)說(shuō),新方案與廣泛的組織類(lèi)型兼容——包括保存的組織切片——這一事實(shí)很重要。例如,大多數(shù)擴(kuò)展顯微鏡方法都是針對(duì)腦組織進(jìn)行優(yōu)化的。相比之下,Magnify在來(lái)自各種人體器官和相應(yīng)腫瘤(包括乳房、大腦和結(jié)腸)的樣本上進(jìn)行了測(cè)試。

Watkins說(shuō):“假設(shè)你有一個(gè)有密集和非密集成分的組織,這就繞過(guò)了以前不會(huì)等量擴(kuò)張的組織。Leon一直在努力研究這個(gè)問(wèn)題,讓這個(gè)方案適用于已經(jīng)存檔的組織?!?/p>

他的部分研究包括研究在人體導(dǎo)氣管中清除粘液的活動(dòng)纖毛。直徑200納米,長(zhǎng)度只有幾微米,如果沒(méi)有電子顯微鏡等耗時(shí)的技術(shù),這些結(jié)構(gòu)太小了。Ren的團(tuán)隊(duì)與招的實(shí)驗(yàn)室合作,開(kāi)發(fā)并交付了具有纖毛超微結(jié)構(gòu)和功能特定缺陷的肺類(lèi)器官模型,驗(yàn)證Magnify可視化臨床相關(guān)纖毛病理的能力。

他說(shuō):“利用最新的放大技術(shù),我們可以擴(kuò)大這些肺組織,甚至用普通顯微鏡也能看到運(yùn)動(dòng)纖毛的一些超微結(jié)構(gòu),這將加快基礎(chǔ)和臨床研究?!?/p>

研究人員還能夠在已知有基因突變的患者特異性肺細(xì)胞中觀察到纖毛中的缺陷。

“肺組織工程界總是需要一種更好的方法來(lái)描述我們所研究的組織系統(tǒng),”Ren說(shuō)。這項(xiàng)工作是重要的第一步,他希望與招實(shí)驗(yàn)室的合作將進(jìn)一步完善,并應(yīng)用于組織庫(kù)中發(fā)現(xiàn)的病理樣本。

最后,招實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的用于Magnify的水凝膠比其前身更堅(jiān)固,后者非常脆弱,在過(guò)程中會(huì)造成斷裂。

他說(shuō):“我們希望開(kāi)發(fā)這項(xiàng)技術(shù),讓大家更容易接觸到它?!薄斑@有不同的發(fā)展方向。人們對(duì)將這種組織擴(kuò)張技術(shù)用于基礎(chǔ)科學(xué)很感興趣。”

卡耐基梅隆大學(xué)生命科學(xué)教授Alison Barth研究學(xué)習(xí)過(guò)程中的突觸連通性。她說(shuō),新方法提供的廣泛應(yīng)用將是研究人員的福音。

“大腦是利用這些超分辨率技術(shù)的好地方,顯微鏡方法將有利于不同大腦條件下的突觸表型和分析。

“這篇論文的主要進(jìn)展之一是該方法能夠在許多不同類(lèi)型的組織標(biāo)本上工作?!?/p>

文章標(biāo)題

Magnify is a universal molecular anchoring strategy for expansion microscopy


文章評(píng)論

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